清水试抽吸没有什么问题的话，就可以将MBR池水注满，进行污泥接种。污泥放入MBR池前应该对污泥进行处理过滤，可以用铁丝滤网也可以采用其他方法，主要是除去污泥内较大颗粒等杂物。
随着活性污泥浓度达到要求，系统各单元运行稳定，就可以进入正常运行阶段。此时将要准备水质的验收，以及工程竣工交接。工程交接主要包括操作人员的培训及竣工资料的提交。操作工培训一定要细致认真，不能用自己的理解去揣摩操作工的掌握，俗话说隔行如隔山，即便是再简单的问题，也要一遍一遍不厌其烦的讲，并确保操作工已经理解掌握。在培训操作工的过程要准备好相关的图纸资料。