物流行业涉及交通、经济贸易、外贸、城市管理、公安、税务、海关、商品检验检疫等部门，这些部门的管理职能、管理模式和制度有很大差异，在物流行业管理过程中，由于管理之间的制度和机制，导致物流行业的发展。在管理制度和机制的影响下，许多部门和企业尚未实现真正的分离，形成了基于部门利益的多部门管理条件之间的分离状态，限制和限制了管理能力，导致了管理水平的缓慢提高。相当一部分省市之间的市场壁垒使网络物流服务企业难以成长。
在规划经济体制下，各行业自上而下统一到底，行业与部门之间的管理体系分割严重。在向市场经济转型的过程中，习惯力量仍有一定的影响。物流业的发展涉及基础设施、物流技术设备、产业、投融资、税收、海关、服务、运输标准等方面，这些问题的管理属于不同的职能部门，职能部门缺乏现代物流理解和缺乏统一协调的战略理念，成为物流业发展的主要瓶颈之一。