雌雄鸸鹋每隔一两天交配一次，交配后鸸鹋会生下深绿色的蛋，蛋壳很厚，约一斤重。大约生了七个蛋之后，雄鸸鹋开始坐在蛋上孵蛋。从此雄鸸鹋不吃不喝，每天之因需要翻转蛋的时候才会站起来10次左右。在大约8周时间，它靠体内的脂肪生存，每天只喝一点晨露。在这段时期，雄鸟不会离开鸟巢。雏鸟在出生后会跟随父亲两年。
雄鸸鹋开始孵蛋之后，雌鸸鹋继续生蛋，但是不再与它交配。雌鸸鹋一般下蛋8至10只，有时也会有10-25只。与很多其他澳洲鸟类一样，鸸鹋不是忠实的一夫一妻制，每当雄鸟开始孵蛋，雌鸟便会与其他雄鸟交配。一窝雏鸟之中，可达一半是雌鸟和其他雄鸟的产物。