花椒在生长发育过程中，由于环境不适或受病原菌的侵害，常常发生一些影响椒树生长挂果结实、产品质量的病害。常有的病害有花椒菟丝子、花椒锈病、花椒根腐病、花椒落叶病、花椒炭疽病、花椒溃疡病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒叶斑病、花椒膏药病等。现主要介绍花椒根腐病，花椒锈病和花椒膏药病。花椒根腐病
花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。
防治措施:
①合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。
②做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。及时拔除病苗。
③移苗时用50%甲基托布津500倍液浸根24小时。用生石灰消毒土壤。并用甲基托布津500-800倍液，或15%粉锈宁500-800倍液灌根。
④4月用15%粉些宁300-800倍液灌根成年树，能有效阻止发病。夏季灌根能减缓发病的严重程度，冬季灌根能减少病原菌的越冬结构。
⑤及时挖除病死根，死树，并烧毁，消除病染原。花椒锈病
花椒锈病是花椒叶部重要病害。广泛分布在陕西、四川、河北、甘肃等省的花椒栽培区。严重时，花椒提早落叶，直接影响次年的挂果。发病初期，在叶子正面出现2-3mm水渍状褪绿斑,并在与病斑相对的叶背面出现黄橘色的疱状物，为夏孢子堆。本病由花椒鞘锈菌引起。夏孢子和冬孢子阶段发生在花椒树上。花椒锈病的发生主要与气候有关。凡是降雨量多，特别是在第三季度雨量多，降雨天数多的条件下，危害很容易发生。
防治措施:
①药剂预防:在未发病时，可喷布波尔多液或0.1-0.2%波美石灰硫磺合剂，或在6月初至7月下旬对花椒树用200-400倍液萎锈灵进行喷雾保护。
②药剂防治:对已发病的可喷15%的粉锈宁可湿性粉剂1000倍液，控制夏孢子堆产生。发病盛期可喷雾1:2:200倍波尔多液，或0.1-0.2波美石硫合剂，或15%可湿性粉锈宁粉剂1000-1500倍液。
③加强肥水管理，铲除杂草，合理修剪。晚秋及时清除枯枝落叶杂草并烧毁。
④栽培抗病品种，可以将抗病能力强的花椒品种混栽。花椒膏药病
花椒膏药病是花椒的一种常见病，其病原为担子菌亚门的隔担耳。担子果似膏药状，紧帖在花椒树枝干上。轻者使枝干生长不良，挂果少；重者导致枝干枯死。在很多地区，花椒枝干及整株枯死，挂果少，结果小都与膏药病有关。膏药病的发生与树龄、湿度及品种有关。据调查，花椒膏药病主要发生在荫蔽、潮湿的成年椒园；另外，该病发生与介壳虫危害有关，膏药病以介壳虫分泌的蜜露为营养，故介壳虫危害严重的椒园，膏药病发病严重
防治措施:
①加强管理，适当修剪，除去枯枝落叶，降低椒园湿度。
②控制栽培密度，尤其是在盛果期老熟椒园，过于荫蔽应适当间伐。
③用波美4～5度石硫合剂涂抹病斑。
④加强介壳虫的防治。