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第三方检测实验室设计要先进行初步的功能布局，在预计建设的实验室内，合理分布液相色谱分析室、质谱分析室、无菌操作室、分子病理诊断实验室，功能布局合理，才能进行细化设计，实验室还要保证通风流畅、逃生应急通道畅通。
单个的实验室内进行实验室家具布置的时候，要注意合理的间距与高度，实验台与实验台通道划分标准(通道间隔用L表示): L>500mm时，一边可站人操作；L>800mm时，一边可坐人操作；L>1200mm时，一边可坐人，一边可站人，中间不可过人；L>1500mm时，两边可坐人，中间可过人；L>1800mm时，两边可坐人，中间可过人可过仪器。
第三方检测实验室设计中，液相色谱分析室的功能主要体现在高效率分离，对复杂的有机化合物分离制取纯净化合物，定量分析和定性分析环境和实验室基础装备设计要求与气相色谙室相近。
质谱分析室主要是对纯有机物的定性分析，实现对有机化合物的分子量、分子式、分子结构的测定，环境监测实验室设计分析样品可以是气体、液体、固体，主要设备有质谱仪、气-质联用仪。
无菌操作室主要用于实验材料的接种操作，所以又叫接种室。通常由里外两间组成，外间是缓冲间，用于准备工作，还有防止污染的作用。缓冲间的门应该与接种室的门错开，两个门也不要同时开启，以保证无菌室不因开门和人的进出带进杂菌。
缓冲间内应该设有水槽、实验台、鞋帽架、和柜子、紫外灯。无菌操作室的内壁应当用塑钢板或瓷砖装修，工作人员进入操作间前要穿上消过毒的工作服和拖鞋。室内应配有超净工作台，紫外灯、解剖镜、各种接种器械等。
完整的第三方检测实验室设计，应该将实验室的设置和管理、人员、项目和试剂的准入、质量保证和质量控制体系的建立等多个方面都考虑进去。