旧时每逢药王圣诞，从医市药者均毕集药王庙殷勤祝祷，以祈医道精进，药理深明。百姓人等亦毕集祈求，以祈合家延年，百病消散。
《集说诊真》有载:“四月二十八日为药王生日，医生备分烧香，骈集于三皇庙，又有药王庙，诞日药市中人击牲设醴以祝嘏。”对药王的祭祀，元代始有具体的规定。
元成宗命郡国通祀三皇如宣圣释典礼，以医师主之。明永乐间，别建三皇庙，十医从祀以医官主之，为万世医药之祖。清顺治元年（l644年）定祭先医，先神之礼（即祀三皇）。祭祀医药神灵的庙堂，古代同时也是医道修习之所。
《续文献通考·群庙》就说:“内有三皇并历代名医像，刻针灸经于石，其碑之题篆则宋仁宗御书，元世祖至元间自汴移此。吴澄宜黄县三皇庙记曰:医有学、学有庙、庙以祀三皇，肇自皇天前此未有也。”可见药王庙曾是岐黄之道的重要学习场所。
尝百草治药材以医民疾的伏羲；病正四百，药正三百六十有五，爰著《本草》的神农；咨于岐黄作《内经》，著之玉版的黄帝，合称为三皇。而药王据《搜神记·神考》说有三:其一是扁鹊，姓秦名越人，渤海郡邦人，少时为里舍长；其二为唐孙思邈，号真人，京兆华原人；其三是韦昌慈藏，又名古，字老师，疏勒国人。据说孙思邈曾医龙子，于龙宫得到《千金方》，韦慈藏则左持一丸，右蹲黑犬。