水温空调运行系统与通风系统二者是密不可分的，但在工程上，将只要求控制室内温度的调节技术称为供暖或降温，将为保持室内环境有害浓度在一定卫生要求范围内的技术成为通风，只有对空气进行全面处理的技术才称为空调。
水温空调通风系统工作原理是:主控机箱通过对采集到的室外温度、室外湿度、室内温度，室外尘度等数据进行分析，之后判断是否启动风机来引进室外冷空气，排出室内热空气，继而实现基站、机房内降温，达到减少空调使用时间来节电的效果。
一般的水温空调，由于大多数系统在过渡季节或非工作时间要辅以通风系统对房间进行机械通风，这样空调系统与通风系统有许多部分就结合在一起了，通常就称为空调通风系统。