科研预算时科研经费申请的关键，很多科研项目预算管理在经费申请阶段得到充分的“重视”。但是很多项目经费申请人，只是注重经费申请结果，没有考虑单位和国家经费管理制度、项目经费使用详细计划和可利用的现有设备等等实际情况，只是根据自己的简单项目资料整理和个人项目经验，就粗略进行项目经费预算编制。一旦申请经费成功，就放松科研预算管理，到经费报销的时候就会遇到各种问题。课题组管理系统的经费管理板块，针对这一系列的问题，为科研预算管理提供了便捷管理功能。科研预算管理就用课题组管理系统。
课题组管理系统的能够便于科研项目经费管理负责人进行经费越算建立，对经费预算进行分类管理，实时监控。财务管理部门通过经费使用查询，能够看到科研项目经费使用情况，及时了解科研项目经费。一旦发现经费使用不当，及时指出，让科研项目负责人尽早进行调整，能够减少经费报销时没法报销的情况发生。
严格要求经费使用者，要先通过课题组管理系统的先经费预算，然后提交经费预算审核。由于预算提交后，就能即时发出经费审核通知，便于经费审核者即时进行经费审批。通过在线申请在线审核的流程，减少了很多线下科研预算管理的重复填表提交的流程。
结合课题组管理系统的实验室管理，在编制科研越算的时候，科研设备购买预算能够制定的更加合理。通过实验室查询可以了解到现有实验室设备储备情况。避免编制一些已有足够使用的仪器设备的重复采购预算，导致预算过高。
而课题组管理系统的一些以往项目管理的数据，能够为科研预算编制提供一些参考数据。特别是一些难以估计的劳务费、差旅费等间接费用的支出，参考一些类似的规模科研项目研究的项目经费管理数据，能够制定出更加合理的科研预算。
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