硅线石有多种颜色，主要有三种颜色变种:黄色，褐色和蓝色，其中黄色和褐色变种分布较广，而蓝色变种则是矿物学上的珍品，据研究，硅线石中的铁，铬和钛是决定其颜色多样性的主要原因，同时与其生成的岩石环境有关系。
1、黄色是自深度变质岩石和共生的伟晶岩来的未蚀变的硅线石单晶的特征。黄色是由于三价铁或在个别情况下是由于三价铬造成的。黄色硅线石含的氧化铁达1.8%和0.3的氧化铬。
2、褐色硅线石变种也是在深度变质岩石和共生伟晶岩岩石中形成的。褐色硅线石的氧化铁含量大于1%。
3、蓝色硅线石与铁含量低有关系，氧化铁小于1%，氧化钛为痕量，跟蓝晶石一样，颜色很可能是中间价电子转化的结果。
4、经强酸处理的精矿，因除去（或减少）硅线石表面铁质膜和赤、褐铁矿等杂质，颜色有棕黄色变为白色或灰白色。耐火度也随之提高，大于1830度，随氧化铝含量的提高而递增。