无菌操作区域内的100级洁净区内的空气在其使用点处应经高效过滤器过滤后呈单向流态（层流）输送，流速应满足空气以活塞的方式吹除灌封区内的悬浮粒子的需要。按规定，垂直单向流的气流速度为3.5 m/s±20％，水平单向流的气流速度为4.5 m/s±20％。但是，如果制造工艺的操作过程中可能会产生大量粒子或设备的几何形状会干扰层流状的空气流态，则需要设计使用更高的气流速度，以保持该控制区域内的单向空气流态。100级洁净区通常控制着无菌制造关键的开口区域，这个区域内的药物组份在空间中处于暴露状态，盛药物的容器及密封零件都已经过严格的除菌或灭菌处理，因此，该区域内空气应具有高度的微生物学质量。按规定，空气浮游菌的含量应不得超过5 CFU/m3。同时，无菌操作区域对相邻较低洁净等级区域还应保持相对的空气正压。其压差数值不得低于5 Pa。
每个无菌制造工艺所属的生产线，都需要有一些为其服务的非无菌操作洁净区（FDA称为控制区）。这是另一类重要的环境控制区（非无菌操作的洁净区或非洁净区），通常用于还未灭菌的产品、中间物料、容器和密封件的准备区域，或用作液体药物制造的配制区，以及药物组分、中间物料、药品、与药品接触的设备表面、容器、密封件最终清洗前的暴露区。同样，为降低最终产品的粒子污染水平并控制产品和其它物料在灭菌前的带菌量，该环境也要具有高度的微生物学和粒子质量。在动态条件下，在物品暴露环境中抽样监测，洁净区内每立方米空气中含≥0.5 靘 的粒子数应不超过35 000 000（10万级），空气浮游菌的含量应不得超过500 CFU/m3。为保持洁净区内的空气质量，应有足够的气流快速置换室内空气，同时对邻近的非洁净或非无菌操作的洁净区保持正压。室内气流速度应足以保证每小时至少换气20次，一般情况下，对相邻较低洁净等级区域空气的压差在所有的门均关闭的条件下应不低于5 Pa。当门开启时，向外的气流应足以将污染物的侵入风险减至最小。
同时，由于无菌操作区有的微生物控制要求，室内的环境温度和相对湿度也应能够适应微生物控制的需要，适应药物制品处于暴露状态时避免吸潮的需要，还要能满足操作人员经过严格的消毒更衣程序后，人体对温湿度的舒适程度的要求。