海洋馆海洋动物的养护和医疗也是海洋馆必备的设施，对不同的动物和不同的疾病，养护池必须分隔，甚至设单独隔离池。动物医院位置很重要，既要保持对海洋馆的隔离，又要方便快捷。为此，必须在动物展示和表演、养护、医疗三个区域间，设置地下的通道，对通道内水体的循环、标高、水质进行合理的设计、配置。 动物的展示需要大量的透明体材料，该材料既要透光性好、清晰、变形小，又要能承受巨大的水体压力。墙壁式、筒体式的海洋动物展示体，一般有二三层楼的高度，巨大的水体压力，要求将展示体壁厚做到0.5m以上，普通的玻璃既重又不安全，所以海洋馆内普遍使用亚力克胶。
海洋馆建筑的空间处理，要根据海洋馆的温度、湿度、通风等物理功能要求，确定各区域不同的层高变化；为了保证海洋动物的日照时间，还要合理设置屋顶的开启和采光，而这往往与室内温度、湿度的处理是矛盾的。这部分的机械动作，完全由计算机自动控制。